Метеорологические наблюдения в поселке Шойна были начаты 10 августа 1932 года по программе 2 разряда с открытием морской гидрометеорологической станции.

Метеорологическая площадка располагалась к западу от поселка на широкой возвышенной песчаной сопке в устье р.Шойна на берегу Белого моря.

Станция несколько раз переносилась. Последний раз это произошло 13 августа 1976 года, когда она была перенесена на 1.5 км к юго-востоку от прежнего местоположения на территорию аэрологической станции. Аэрологическая станция самостоятельно работала с ноября 1962 года в 2 км к югу от поселка Шойна. В 1976 году произошло объединение двух станций в одно подразделение непосредственно в поселке.

Наблюдения производились в три срока. Станция имела необходимые приборы и оборудование для выполнения установленной программы наблюдений: барометр-анероид, термометры в психрометрической будке, гигрометр Соссюра, дождемер и флюгер Вильда с тяжелой доской. Анероид в 1935 году заменен ртутным чашечным барометром, а дождемер в 1953 году - осадкомером Третьякова. В дальнейшем программа наблюдений расширялась, расширялся и совершенствовался парк метеорологических приборов. Были введены в эксплуатацию измерители: ветра (анеморумбометр М-63), высоты облачности (ИВО-1М), метеорологической дальности видимости (приборы М-53А и М-71). 1974 году температурно-ветровое зондирование атмосферы производилось с использованием системы «Метеорит». В октябре 1995 года установлен аэрологический комплекс АВК-1 «Титан», который в 2004 году был модернизирован для новой модели радиозондов.

Первыми  наблюдателями  на  станции были  Бобылев  Евгений Матвеевич (1932-34) и Бульбяк Владимир Александрович (1934-35). С 1936 по 1937 год станцией руководил Ивановский Виктор Александрович при котором штат станции был увеличен.

В дальнейшем начальники и персонал станции неоднократно менялись. С 1962 по 1968 год начальником морской гидрометеорологической станции Шойна был Матвеев  Анатолий Иванович,  с 1969 по 1975 год  - Утусиков Александр Васильевич. В 1976 году объединенную станцию возвглавил Точилов Евгений Владимирович, который проработал в должности начальника более 25 лет.

Под руководством Утусикова А.В. и Точилова Е.В. работа станции отличалась высоким качеством и стабильностью. АЭ Шойна была в числе лучших наблюдательных подразделений Северного УГМС.

С 1996 года АЭ Шойна возглавляет Широкий Сергей Федорович. На станции трудятся квалифицированные специалисты.

Коллектив станции обеспечивает выполнение плановых заданий в полном объеме с высоким качеством материалов наблюдений и информации.